Uosto plėtra nutrūko 1939 m. kovo 22 d., kuomet Vokietija, pateikusi ultimatumą, užėmė Klaipėdos kraštą. Kovo 29-osios vidurdienį į uostamiestį kreiseriu "Deutschland", lydimu 40 karinių laivų flotilės, atvyko A. Hitleris. Teatro aikštėje jis priėmė kariuomenės paradą ir iš miesto teatro balkono gyventojams pasakė kalbą. Antrojo Pasaulinio karo metu Klaipėdoje bazavosi 24-oji povandeninių laivų flotilė "Memel". Tarybinė armija po intensyvių mūšių miestą užėmė tik 1945 m. sausio 28 d.