Jau 1258 m. mieste buvo pastatytos pirmosios dvi bažnyčios: Šv Johaneso, arba Miesto, bažnyčia, skirta miestelėnams vokiečiams aptarnauti, bei Šv. Nikolauso bažnyčia, turinti rūpintis vietovių Pois, Ekitės, Mutinės, Kalotės, Duvirčių, Palangos bei Kretingos gyventojų atvertimu ir dvasiniu jų aptarnavimu. Tikėjimo juos mokė tam skirtas “tolkas” – vertėjas, mokėjęs lietuviškai ir kuršiškai, nors Ordino laikais buvo stengiamasi prūsus ir lietuvius mokyti vokiečių (arba lotynų) kalbos, kuri viena buvo leista vartoti viešajame gyvenime. Abiem bažnyčioms aprūpinti vyskupas skyrė po 4 ūbus žemės bei pakankamai pievų gyvuliams šerti.

Šv.Jokubo ir Reformatų bažnyčios stovėjo viena prieš kitąTaigi Šv. Nikolauso, arba Žemės, bažnyčia yra pirmoji lietuvių ir kuršių misijai skirta ir pastatyta bažnyčia Lietuvoje, nuo to laiko be pertraukos tarnavusi vietiniams gyventojams, vėliau, po reformacijos, pervadinta Šv. Jokūbo bažnyčia ir vadinama Laukininkų vardu, kadangi plačių Klaipėdos apylinkių daugumą gyventojų sudarė valstiečiai, šiame krašte vadinti laukininkais. Kalavijuočių ordino broliai bei vyskupai, be abejo, nuoširdžiai stengėsi plėsti krikščionių tikėjimą tarp vietinių gyventojų, nors ir savo meto priemonėmis, vadovaudamiesi viduramžiškomis tikėjimo dogmomis.

Evangelikų liuteronų bažnyčios parapijos užuomazga prasidėjo reformacijai Prūsuose įvykus. Šv. Jokūbo,  kitaip dar žemininkų bažnyčia, oficialiai vadinama Litauische Kirche Memel (lietuvių bažnyčia Klaipėdoje) buvo pastatyta 1525-1535 m. būvyje, netoli Danės upės, senamiestyje. 1686 m. pastatytas didelis mūrinės bažnyčios pastatas. Prie lietuvių bažnyčios buvo pastatyta ir bažnytinė mokykla. Joje yra 1677-1685 m. mokytojavęs šios bažnyčios precentorius Valentinas Dachas, giminaitis Klaipėdoje gimusio lietuviškos kilmės vokiečių poeto Simano Dacho (1605/1659 m.).

Per 1854 m. miesto gaisrą senoji lietuvininkų bažnyčia sudegė. 1856 m. pagal vok. archit. A.Stulerio projektą panaudojus sienas pastatyta nauja. Bažnyčia buvo trijų navų, be apsidės ir bokšto, pastatas 42 m. ilgio, 23 m. pločio ir 10 m. aukščio iki stogo.

II-ojo pasaulinio karo pabaigoje bažnyčia kiek apgriauta, bet 1946 m. vasarą joje vėl laikytos pamaldos, stogo viduryje žiojojo didelė skylė pramušta sviedinio. Apie 1959 m. SSRS kariuomenės dalinys pastatą nugriovė pasitelkę tankus. Bažnyčios vietoje pastatytas restoranas. Po 1990 m. buvo planų išpirkti sklypą ir atkurti bažnyčia, bet viskas teliko kalbomis.

Šv.Jokubo bažnyčios griuvėsiai, 1959 m.Šiandien - prekybos ir pramogų centras